Да, настройки сохраняются. Все Ок. Пишется в области после 0х780000. При чем сюда по дампу пишется в разные области. Там используется jffs2?
В каком же формате хранится u-boot? В виде раздела одной из файловых систем или в архиве. Мне показалось начало u-boot это хедер, потом некий код, который распаковывает сжатый образ, который лежит за кодом.